尽管保税区与自由贸易区都起到类似自由港的作用,但在开放程度、功能设计以及监督管理等方面还存在着较大区别。
一是保税区在海关的特殊监管范围内,货物入区前须在海关登记,保税区货物进出境内、境外或区内流动有不同的税收限制;而自由贸易区是在海关辖区以外的、无贸易限制的关税豁免地区。
二是保税区的货物存储有时间限定,一般为2~5年;而在自由贸易区内,货物存储期限不受限制。
三是由于保税区内的货物是“暂不征税”,对货物采用账册管理方式;而在自由贸易区,主要考虑货畅其流为基本条件,多数自由贸易区采取门岗管理方式,运作手续更为简化,交易成本更低。
四是目前许多保税区的功能相对单一,主要是起中转存放的作用,对周边经济带动作用有限;而自由贸易区一般是物流集散中心,大进大出,加工贸易比较发达,对周边地区具有强大的辐射作用,能带动区域经济的发展。